Здравствуйте.
Папка основного домена только public_html. При добавлении второго домена вы указываете сами папку где его распологать, укажите папку выше папки public_html.
добавьте домен в раздел панели - дополнительные домены
http://ded**.net/ помощь по пользованию панелью
ok