Уточните, пожалуйста, подробнее.
Вы можете изменять файлы так же в cPanel - Диспетчер файлов.
По FTP - опишите, пожалуйста, какую ошибку Вы получаете?
какие данные вводите?
Вы принимаеье сертификат при подключении по FTP?